Родился в селе Чашниково Верейского уезда Московской губернии в многодетной семье сельского дьячка. С детства он был приобщён к церковной жизни, рано начал читать христианскую литературу — Библию, жития святых и другие книги. В возрасте пяти лет Николай ослеп на один глаз, но это не помешало ему выучиться грамоте и закончить церковно-приходскую школу. Затем он поступил в Московское духовное училище, где считался лучшим учеником. Во время обучения в училище он в числе прочего занимался сочинительством, писал стихи, издавал журнал.
В 1874 году поступил в Новоиерусалимский монастырь послушником. Когда настоятеля, отца Леонида (Кавелина) перевели в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру наместником, последовал за ним.
С января 1879 года — в течение последующих 25 лет — был редактором «Троицких листков», религиозно-просветительского издания для народа. В 1900 году за издание «Троицких листков» он был удостоен Макарьевской премии.
В 1880 году принял постриг с именем Никон; в 1882 году рукоположён во иеродиакона, затем в иеромонаха.
В 1885 году назначен соборным иеромонахом московского Донского монастыря. В том же году была издана его книга «Житие и подвиги преподобного Сергия, игумена Радонежского и всея России чудотворца».
В 1892 году возведён в сан архимандрита; занимал несколько административных постов в Лавре, издавал литературу.
14 марта 1904 года хиротонисан во епископа Муромского, викария Владимирской епархии.
С 8 ноября того же года епископ Серпуховский, викарий Московской епархии.
Поддерживал знакомство с московскими монархистами: В. А. Грингмутом, Б. В. Никольским и другими; принимал участие в деятельности монархических организаций.
Осуждал смуту 1905 года; вместе с митрополитом Московским Владимиром (Богоявленским) участвовал открытии 2-го Всероссийского съезда русских людей в Москве 6 апреля 1906 года; писал статьи, обличающие революционеров.
25 апреля 1906 года был переведён на Вологодскую кафедру, где продолжил анти-революционную деятельность, стал почётным председателем вологодского отдела Союза русского народа.
С 31 января 1907 года член Государственного совета от Святейшего Синода; с 1 января 1908 года член Святейшего Синода.
В 1911—1912 годах состоял членом Совета Русского собрания.
В 1913 году возведён в сан архиепископа, и 4 апреля назначен председателем новообразованного Издательского совета при Святейшем Синоде.
В мае 1913 года принимал участие в осуждении русских афонских монахов-имяславцев в Андреевском скиту; был послан на Афон вместе с военным кораблем; несколько десятков монахов было в итоге выдворено в Россию.
В 1916 году отошёл от активной деятельности, по прошению был уволен с должности председателя Издательского совета, и сосредоточился на служении в Лавре. В конце жизни он издал книгу Сергея Нилуса «Близ есть, при дверех».
Умер 30 декабря 1918 (12 января 1919 года) в Троице-Сергиевой лавре, где и был погребён.