Окончил Ленинградскую духовную семинарию (1974 год), Ленинградскую духовную академию (1979 год), кандидат богословия (1982 год; тема кандидатской работы: «Церковные реформы Петра I и их историко-критическая оценка»). В 1977—1978 годах проходил стажировку в Экуменическом институте в Боссэ (Швейцария).
1 января 1976 года пострижен в монашество. С 4 января 1976 года — иеродиакон. С 7 января 1976 года — иеромонах.
В 1976—1977 годах — клирик Николо-Богоявленского собора в Ленинграде.
В 1978—1980 годах — преподаватель Ленинградской духовной семинарии.
В 1980—1982 годах — благочинный церквей Олонецкой епархии, настоятель Крестовоздвиженского собора города Петрозаводска.
В 1982—1985 годах — секретарь Ленинградского епархиального управления.
В 1985—1986 годах — исполняющий обязанности ректора Ленинградских духовных академии и семинарии.
В 1986—1987 годах — настоятель Тихвинского храма в городе Тихвине.
В 1987—1990 годах — вновь благочинный церквей Олонецкой епархии, настоятель Крестовоздвиженского собора города Петрозаводска.
С 14 августа 1990 года — епископ Петрозаводский и Олонецкий. На момент его епископской хиротонии в Карелии действовало лишь пять православных общин.
С 17 июля 1996 года — епископ Петрозаводский и Карельский.
С 25 февраля 2000 года — архиепископ.
За первые 15 лет его деятельности во главе епархии были образованы около 70 приходов, причём только в 2000—2005 архиепископ освятил около 20 новопостроенных и восстановленных храмов, три из которых находятся в Петрозаводске.
В «Атласе современной религиозной жизни России» (Т. 1, М., 2005), изданном под эгидой Кестонского института, содержится такая характеристика архиепископа Мануила:
В связи с кончиной епископа Архангельского и Холмогорского Тихона (Степанова) указом Патриарха Московского и всея Руси Кирилла с 20 октября 2010 года назначен временно управляющим Архангельской епархией.