Родился 5 января 1955 года в г. Пори, Финляндия. Удостоен степени кандидата теологии (сейчас это степень магистра) в 1979 году. В 1987 году защитил лицензиат, а в 1989 году получил степень доктора теологии.
Его дальнейшая карьера в Евангелическо-лютеранской церкви Финляндии выглядела следующим образом:
В 2010 году после ухода на пенсию архиепископа Юкка Паарма был избран новым примасом Евангелическо-лютеранской церкви Финляндии с титулом Архиепископ Турку. Кари Мякинен набрал во втором туре голосования 593 голоса. За профессора хельсинкского университета Миикку Руоканена проголосовало 582 делегата. Настолование состоялось 6 июня 2010 года в кафедральном соборе г. Турку.. На церемонии присутствовали глава ВЛФ Ишмаэль Ноко, президент Финляндии, спикер, министр культуры, а также представители православных церквей
С 21 по 23 июня 2010 года в Виннипеге (Канада), в преддверии G8 принимал участие во Всемирном саммите религиозных лидеров.
Новый глава Евангелическо-лютеранской церкви Финляндии в период своего избрания на пост архиепископа выступал за благословение однополых пар, а также являлся активным сторонником рукоположения женщин в епископский сан.
После телевизионных дебатов о правах гомосексуалистов в октябре 2010 года по результатам которых евангелическо-лютеранскую церковь покинуло более 30 тысяч человек, архиепископ, сожалея о случившемся, стал более дипломатичным в высказываниях. Признавая, что общество должно гарантировать равные юридические права всем парам, вне зависимости от их сексуальной ориентации и, не желая, чтобы церковь отказалась от права венчания, если закон о гендерно-нейтральном браке вступит в силу, архиепископ на данном этапе не считает правильным совершать браковенчание гомосексуалистов в церкви. Он надеется на продолжение дискуссии.