Родился 18 ноября 1881 года в слободе Печоры (ныне микрорайон Печёры) близ Нижнего Новгорода в семье потомственных старообрядцев. Отец скончался 14 октября 1888 года, когда мальчику было семь лет. Мать отдала его в начальную школу, где он проучился с 1890 по 1892 год.
В 1893 году в 12 лет поступил на работу в контору фирмы «У. С. Курбатов»., одновременно помогая при местном старообрядческом храме.
В 1900 году переехал в село Большое Мурашкино Княгининского уезда Нижегородской губернии, женившись на внучке старообрядческого священника Михаила Степановича Дубровина — Александре Дмитриевне Красильниковой.
2 июня 1913 года епископ Иннокентий рукоположил его в сан диакона, а 3 июня 1913 года — во священноиерея в церковь с. Большое Мурашкино. 27 марта 1925 году овдовел. На Самарском соборе 1927 и Нижгородском епархиальном съезде 1928 года о. Иоанн был избран и утвержден кандидатом в епископы.
19 ноября 1928 года в с. Чернуха епископом Нижгородским и Костромским Гурием (Спириным) был пострижен в иночество.
23 декабря 1928 года в Самаре был рукоположён во епископа на Самарско-Уфимскую кафедру.
20 декабря 1932 году арестован и решением Коллегии ОГПУ от 4 июня 1933 года осужден по ст. ст. 58-10 и 58-11 УК РСФСР на 5 лет в исправительно-трудовых лагерей. В 1940 году освобожден из заключения. В это время на свободе оставался всего один престарелый старообрядческий епископ Калужско-Смоленский Сава, который и возвел епископа Иринарха (Парфенова) в сан архиепископа Московского и всея Руси.
В период войны 1941—1945 годов призвал старообрядцев оказывать всяческое противодействие врагу на оккупированной территории в рядах партизан и доблестно служить в Красной армии.
В 1946 году, в день 65-летия, владыка Иринарх получил от председателя Совета по делам религиозных культов при Совмине СССР И. В. Полянского официальное поздравление. Это был первый за 300 лет существования старообрядчества случай, когда правительственный чиновник обратился с поздравлением к старообрядческому Первосвятителю.
Скончался 7 марта 1952 года от повторного инфаркта. Погребен в Москве на Рогожском кладбище.
Постановлением Президиума Куйбышевского областного суда от 21 августа 1957 года дело в отношении Парфенова Ивана Васильевича прекращено и он по данному делу реабилитирован.