В три года потерял мать, в семь — отца. Воспитала его благочестивая вдова Наталья Медоварцева.
Организовал в Новгороде приюты для сирот и вдов. Для защиты своей паствы от притязаний Москвы, он ездил к Ивану III и убедил его «тихими очами взирать» на Новгород. В 1466 году в Новгородской земле умерло от моровой язвы более 250 000 человек, в том числе в самом Новгороде около 50 000 (7650 монашествующих и 300 священников). По сказанию летописи, Иона прекратил болезнь, совершив крестный ход в Зверин монастырь.
Скончался 5 ноября 1470 года.
На Макарьевском соборе 1549 года был причислен к лику общерусских святых. Мощи его находились в Предтеченском храме Отенской пустыни, не засыпанные землёй. В жизнеописаниях его рассказывается о многих чудесных исцелениях, бывших у его гроба.