Прославлен в лике святых Русской православной церкви в 2001 году; память — 29 сентября (по юлианскому календарю).
Родился в семье латышских крестьян; в детстве занимался крестьянским трудом. Его прадед был одним из первых латышей, принявших православную веру.
Окончил Рижскую духовную семинарию (1897), Киевскую духовную академию (1904) со степенью кандидата богословия.
С июля 1921 года — архиепископ Рижский и Митавский. По его ходатайству Латвийская церковь получила автнономию в составе Российской Церкви: данное решение было утверждено 21 июня 1921 Патриархом Тихоном, Священным Синодом и Высшим Церковным Советом. В 1923 году на Соборе Православной церкви в Латвии был принят её устав, обеспечивающей всем членам церкви без различия этнической принадлежности предусмотренные канонами права.
В 1926—1931 — депутат латвийского Сейма, в котором активно защищал интересы православной церкви и нередко вступал в конфликты с представителями левых партий. В 1926 добился принятия закона о юридическом положении Православной церкви в Латвии, в котором говорилось, что она имеет право «свободно и открыто проводить в жизнь» православное вероучение. Церкви и её учреждениям принадлежали права юридических лиц, гарантировались имущественные права церкви, разрешалось создание религиозных школ, учреждение православных обществ и союзов, а решения духовной власти в каконических делах не подлежали обжалованию в светских учреждениях.
Во исполнение этого закона уже 1 декабря 1926 была открыта Рижская духовная семинария. Кроме того, владыка решительно выступал в защиту интересов русского населения Латвии. При его участии были приняты законы, регламентирующие открытие русских учебных заведений, основные русские школы и гимназии стали получать пособия из фонда культуры. Увеличилось количество русских учебных заведений, были открыты народные библиотеки, улучшено положение в дошкольном образовании.
Был убит на своей пригородной даче в ночь с 11 на 12 октября 1934. Убийцы подвергли его пыткам, смертельно ранили выстрелом в упор, а затем сожгли дом; тело архиепископа сильно обгорело. Отпевание возглавил митрополит Таллинский Александр (Паулус) (Константинопольский патриархат). Был похоронен на Покровском кладбище Риги, близ Покровского храма; над его могилой в 1936 году по проекту Сергея Антонова архитектором Владимиром Шервинским была выстроена квадратная в плане кирпичная часовня-усыпальница.
Существует три основные версии причин гибели архиепископа. Согласно первой, распространявшейся советской историографией, он был убит сторонниками латвийского лидера Карлиса Ульманиса за то, что выступал за сохранение канонических связей с Московской Патриархией (после гибели владыки Иоанна Латвийская церковь перешла под омофор Константинопольского Патриархата). Однако объективные доказательства этой версии отсутствуют — в латвийской политике владыка Иоанн был скорее союзником правительства в борьбе против левых сил.
Вторая версия связана с конфликтами внутри Латвийской церкви, в том числе с разногласиями между владыкой Иоанном и молодежной организацией «Русское православное студенческое единение», являвшейся латвийским филиалом Русского студенческого христианского движения, действовавшего в среде русской эмиграции. В ходе расследования убийства архиепископа некоторые члены этой организации были ненадолго арестованы, а деятельность самого движения на территории Латвии прекращена по обвинению в русском шовинизме. Однако никакого подтверждения причастности членов РСХД к убийству архиепископа обнаружено не было.
Наиболее распространённая ныне версия связывает убийство архиепископа Иоанна с деятельностью агентов советских спецслужб. Обращается внимание на тайные связи главы Латвийской церкви с православными верующими в СССР, от которых он получал сведения о гонениях на религию, что не могло не вызывать недовольство советского руководства, так как владыка был депутатом Сейма Латвии. Кроме того, архиепископ Иоанн был последовательным антикоммунистом и критиком просоветских сил в своей стране. Существует предположение, что вечером 11 октября (накануне смерти) владыку навестил приехавший в Ригу советский певец Леонид Собинов; сам Собинов спустя день скоропостижно скончался в номере гостиницы в Риге, причём советское полпредство запретило делать вскрытие умершего, а причиной смерти объявили разрыв сердца. Тело покойного быстро перевезли из гостиницы в здание полпредства, а затем траурным поездом отправили в Москву.
Часовня на Покровском кладбище, где под спудом покоились его останки, была местом паломничества православных; архиепископ Иоанн был причислен к лику святых Православной Русской Церковью Заграницей и Сербской Православной Церковью.
17 июля 2001 года решением Священного Синода РПЦ, был прославлен к общецерковному почитанию в Соборе новомучеников и исповедников Российских. 24 сентября того же года в Риге, на очередном Соборе Латвийской Православной Церкви, было принято Определение о канонизации священномученика Иоанна. 25 октября того же года в Христорождественском соборе Риги были совершены литургия и чин канонизации, в присутствии Президента Латвии Вайры Вике-Фрейберги, вице-мэра Рижской Думы, депутатов Сейма, представителей иных христианских конфессий Латвии.
4 октября 2003 года состоялось перенесение обретенных незадолго до того мощей из Покровского кладбищенского храма (улица Менесс, 3) в собор Рождества Христова.
27 мая 2006 года указами митрополита Рижского Александра (Кудряшова) были учреждены орден и медаль священномученика Иоанна Рижского.