Родился 6 февраля 1874 года в Киевской губернии в семье священника.
Будучи студентом Киевской духовной академии, заболел костной болезнью, которую врачи сочли неизлечимой, однако Иоанн Кронштадтский помолился за него, когда посещал школу и юный Феодор выздоровел. В благодарность, он дал обет стать послушником в пещерах Киевской Лавры и исполнил его в 1894 году.
В том же году в Лавру в поисках работников для Северо-американской миссии приехал епископ Николай (Зиоров). Феодор откликнулся на приглашение, и в конце 1894 года прибыл в Сан-Франциско, где был определён секретарём администрации миссии.
Женился и 4 декабря 1897 года посвящён в сан священника. Служил в Сан-Франциском кафедральном соборе.
В 1906 году вернулся с архиепископом Тихоном (Беллавиным) в Россию. Служил у последнего в епархиальном управлении в Виленской епархии.
С началом Первой мировой войны — военный священник в России.
В 1917 году овдовел.
Участвовал в оказании помощи голодающим в Поволжье, организованной ИМКА.
В 1922 году после секретной встречи с патриархом Тихоном пострижен в монашество.
В соответсвии с указом патриарха Тихона от 27 апреля 1922 года, в ноябре 1922 года хиротонисан во епископа Чикагского, викария Северо-Американской епархии; хиротонию совершали управляющий православными приходами в Америке митрополит Платон (Рождественский), епископ Бруклинский Евфимий (Офейш) и архиепископ Иерусалимской Церкви Пантелеимон.
С 1931 года епископ Сан-Францисский.
23 ноября 1934 года на Соборе митрополичьего округа (5-ом Всеамериканском соборе) в Кливленде избран преемником митрополита Платона и назначен митрополитом всея Америки и Канады с сохранением титула архиепископа Сан-Франциского. Вследствие того, что он стал преемником отделившегося от Церкви иерарха, он подпал под действие наложенного на последнего церковного прещения.
Взял курс на объединение русского церковного рассеяния — в 1935 году он подписал «Временное Положение о Русской Православной Церкви заграницей», которым возглавляемая им Американская митрополия вошла в подчинение Архиерейскому Синоду в Сремских Карловцах, после чего в том же году заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский) и Священный синод РПЦ подтвердили запрещение в священнослужении митрополита Феофила и подчинённого ему духовенства.
Во время правления митрополита Феофила Северо-Американская митрополия получила официальное положение в соответствии с законодательством США.
В 1945 году послал двух своих представителей на Поместный Собор РПЦ в Москве, однако они опоздали к заседаниям Собора.
Осенью 1945 года имел встречу с представителем Московского Патриарха архиепископом Алексием (Сергеевым), однако в дальнейшем уклонился от встреч с ним.
По принятии в ноябре 1946 года Кливлендском Собором митрополии решения о присоединении к Московскому патриархату на условиях автономии, послал телеграфное уведомление Патриарху Алексию I о решении Собора. Но когда Патриарх Алексий в июле 1947 года послал в США своего представителя митрополита Григория (Чукова), он отказался от всяких сношений с последним, отвергнув все предложения Патриархии, выступил с публичной критикой Патриаршей Церкви.
12 декабря 1947 года «за упорное противление к воссоединению с Матерью-Церковью» Патриарх Алексий I и Священный Синод подвергли его и единомышленных с ним епископов суду Собора епископов.
Скончался 27 июня 1950 года в Сан-Франциско, под запрещением.