17 апреля 1921 хиротонисан во епископа Болховского, викария Орловской епархии. Во время проповедей критиковал новую власть: «Все забыли праведное учение и стали верить в какую-то кучку людей, не понимающих самих себя…». Был арестован и пять месяцев пробыл в тюрьме. Через некоторое время после освобождения был вновь арестован, оправлен в центр исправительного труда, а затем признан «социально опасным элементом» и без суда выслан на два года в Среднюю Азию. Отбывал ссылку в городе Пенджикенте.
Будучи ссыльным, вместе с епископом Василием (Зуммером) участвовал в тайной архиерейской хиротонии владыки Луки (Войно-Ясенецкого).
Запомнился жителям Брянска своими пламенными проповедями, а также тем, что при нем были обретены и вновь погребены под алтарем Введенского храма мощи святого князя Олега Романовича Брянского. Сделано это было «во избежании поругания от безбожных властей». Скончался от тифа — сказалось подорванное в последней, северной ссылке здоровье.
По состоянию на 2005 в Брянской епархии завершила свою работу комиссия по канонизации владыки Даниила. После изучения архивных документов церковные власти признали, что архиепископ пострадал за веру, то есть имеется возможность для его причисления к лику святых как исповедника. Решение этого вопроса остаётся за Св. Синодом.