Родился в 1765 году в году Новгороде в семье священника. Отец его был протоиереем в новгородском Знаменском соборе.
Обучался в Новгородской духовной семинарии. В 1788 году, по случаю закрытия и перевода из Новгородской семинарии высших классов в Санкт-Петербург и соединения с классами Петербургской семинарии под названием главной Александро-Невской семинарии, а потом академии, Знаменский как лучший ученик переведён был в последнюю, в которой около 1790 года окончил курс настолько хорошо, что был оставлен учителем синтаксического класса, а потом вскоре переведён в философский и, наконец, в богословский класс.
3 марта 1792 года пострижен в монашество, а 18 апреля того же года рукоположён во иеромонаха и назначен префектом Александро-Невской главной семинарии.
С 1793 года — префект Новгородской духовной семинарии.
26 мая 1794 года возведен в сан архимандрита Новгородского Вяжищского монастыря и назначен ректором Новгородской духовной семинарии.
С 7 апреля 1795 года — настоятель Валдайского Иверского Богородичного монастыря и ректор Санкт-Петербургской главной семинарии, которая при нём в 1797 году переименована в академию.
9 октября 1799 года хиротонисан во епископа Старорусского, викария Новгородской епархии.
С 5 июля 1802 года — епископ Вологодский.
13 февраля 1803 года возведён в сан архиепископа и назначен в Тобольск.
Будучи человеком всесторонне образованным, преосвященный Антоний стремился улучшить духовные училища и семинарии, надеясь чрез поднятие умственного и нравственного уровня духовенства благотворно влиять и на всю паству. С этой целью он, например, в Тобольске собирал у себя по праздникам учителей семинарии и беседовал с ними о преподаваемых ими предметах и об улучшении семинарии вообще. Устраивал у себя публичные диспуты по богословским вопросам, на которые приглашал светское общество.
С 25 мая 1806 года — архиепископ Ярославский и Ростовский.
12 июля 1820 года уволен на покой в Новгородский Деревяницкий Воскресенский монастырь.
Немало потрудился Антоний и на литературном поприще. Он состоял почетным членом разных ученых обществ, а также был почетным членом Московского университета.
Скончался 10 августа 1824 года. Погребён, по завещанию, в Варлаамо-Хутынском монастыре в Покровском приделе.