Родился в семье священника в селе Семёновском Пошехонского уезда Ярославской губернии.
В 1850 году окончил Ярославскую духовную семинарию и поступил в Московскую духовную академию.
В июне 1854 года окончил курс Московской духовной академии; 1-й магистр XIX курса (1850—1854). 9 октября определён при академии бакалавром по кафедре церковного красноречия и законоведения.
31 августа 1855 года удостоен степени магистра.
С 1862 года — преподаватель греческого языка.
С 10 февраля 1864 года - экстраординарный профессор по кафедре греческого языка и библиотекарь Академии. В 1870 году перешёл на кафедру Церковного законоведения. Отличался глубоким знанием канонического права.
В 1877 году овдовел.
9 января 1878 года принял монашество; 17 марта возведен в сан архимандрита и определён настоятелем Саввина-Сторожевского монастыря.
30 апреля 1878 года хиротонисан во епископа Можайского, второго викария Московской митрополии.
С 22 января 1883 года — епископ Дмитровский, первый викарий Московской епархии.
С 9 марта 1885 года — епископ Таврический и Симферопольский.
11 мая 1885 года назначен епископом Литовским и Виленским, священноархимандритом Свято-Духова Виленского монастыря.
20 марта 1886 года возведён в сан архиепископа, назначен священноархимандритом Саввино-Сторожевского монастыря.
В июне 1889 года организовал торжества по случаю 50-летия воссоединения белорусско-литовских униатов.
Приобрел всеобщую известность своей ученостью и глубоким знанием канонического права. Его труды всегда отличались глубокой обоснованностью, строгостью взгляда относительно Православия и истинного патриотизма. Однако он не искал славы и популярности, но старался скрыть свое имя при издании трудов.
Как архипастырь, преосвященный Алексий показал себя непоколебимо твердым поборником веры и благочестия, ревнителем истины, защитником Православия и русского населения от польско-католических интриг.
Замечательные духовно-нравственные качества архиепископа Алексия снискали ему любовь и уважение среди окружающих. Он отличался кротостью нрава, ласковостью, доступностью, честностью и спокойствием в исполнении своих архипастырских обязанностей.
Архиепископ Алексий глубоко чтил и поминал усопших. Богослужения преосвященного Алексия были исполнены благоговения и величественности.
Особенностью архиепископа Алексия было то, что он никогда не говорил поучений с церковной кафедры и никогда не фотографировался.
Скончался 9 ноября 1890 года в Вильне, погребён в Свято-Духовом монастыре в пещерной церкви, у левой стороны пещеры.