Начал футбольную карьеру в «Арарате», за который играл до 1996 года. В составе столичного клуба стал чемпионом и 3-хкратным обладателем Кубка Армении. Являлся лидером и капитаном команды. В составе «Арарата» участвовал в еврокубках. Благодаря победному голу Тонояна в матче Кубке обладателей кубков УЕФА «Арарат»—«Катовице» (2:0, в первом матче «Арарат» проиграл 0:2) матч был переведён в дополнительное время, а в серии пенальти мастерством отметились араратовцы, перевесив соперников на один гол — 5:4.
Тонояну принадлежит своеобразный рекорд. С 1993 по 1998 года, он выходил в финал Кубка Армении с капитанской повязкой и в-первых 4-х финалах (3 — в составе «Арарата»; 1 — в составе «Пюника») становился обладателем данного трофея.
В 1999 году Тоноян в «Ереване» являлся играющим главным тренером. После окончания сезона клуб был расформирован, а Тоноян перешёл в «Мику», где занял должность старшего тренера. Проработав на должном уровне до 2002 года, Тоноян с 5-го тура чемпионата возглавляет аштаракскую команду, после ухода Эдуарда Маркарова. Задержался на этой должности недолго. После 15-го тура покидает пост. В начале того сезона Тоноян возглавил «Мику-2».