Нето родился в семье протестантского пастора, что отчасти предопределило его антиколониальную позицию, так как в португальских колониях господствовал католицизм.
С 1947 жил в Португалии. Учился в лицее Луанды Сан-Салвадор и Лиссабонском университете. Там познакомился с женой, португалкой Марией, которой посвятил лучшие свои стихи.
В начале 1950-х годов в Анголе развернулась борьба за независимость под руководством созданной Нето организации МПЛА. За участие в национально-освободительном движении в 1955—1957 годах он находился в заключении. В 1958 году окончил медицинский факультет университета в городе Коимбра и вернулся в Анголу, где вступил в Народное движение за освобождение Анголы (МПЛА). В 1961 году был заключён в тюрьму, позднее перемещён под домашний арест. В 1962 году он совершает побег в Марокко, откуда перебирается в Демократическую республику Конго. Ко времени получения независимости его движение контролировало значительную часть территории страны.
В 1975 году Агоштинью Нету становится первым президентом Анголы и провозглашает курс на строительство социализма. Ситуация была сложная — в стране царила экономическая разруха, так как все португальские специалисты были изгнаны после провозглашения независимости, а в страну вторглись войска Заира и армия ЮАР. В условиях наступления антиправительственной организации УНИТА и армии ЮАР на Луанду он обратился за помощью к СССР и Кубе. С их помощью иностранные войска были разгромлены.
Умер Агоштинью Нету в Москве 10 сентября 1979 года после онкологической операции. После смерти был захоронен в специально сооружённом мавзолее в Луанде. В момент взлёта самолёта с телом Нету с московского аэродрома на ВПП наблюдалось появление НЛО, в связи с чем вылет был задержан на один час.
Стихи начал писать в 1947. Поэтические сборники «Стихи» (1961, на португ. языке), «С сухими глазами» (на итал. языке, 1963; на португ. языке, 1969) насыщены революционной патетикой.