Вступил в Орден Иезуитов 1 ноября 1606 года. В том же году он присоединился к путешествию Диего Торреса, первого главы миссии Иезуитов в Парагвае. Был учеником Гонсало Суареса. После посвящения в монахи четыре года пробыл в Аргентине, где продолжил изучение Теологии и Философии. По окончании был направлен к индейцам гуарани в Парагвай. Среди них провел 25 лет. Хорошо знал язык гуарани и местные обычаи. Основал на реках Парана, Уругвай и Тапе 13 миссий с колледжами, церквями, центрами сельского хозяйства, — сами индейцы называли их «места без зла». Основал миссию Гуайра (Guayra) и лично крестил 100000 индейцев.
Чтобы воспрепятствовать нападениям бандейрантов из Бразилии, уводивших гуарани в рабство, ему пришлось переправить 15000 индейцев частично на 700 плотах и бесчисленных каное и частично через сельву в миссии в Парагвае. Как сказал немецкий юрист Рудольф фон Йеринг (Rudolf von Jhering): «Эта экспедиция была одним из самых необычных предприятий известных истории».
К 1636 году довелось вооружить индейцев.
Уезжает в Мадрид в 1637 году. Публикует грамматику и словарь гуарани, а также свою хронику Духовная Конкиста. В 1643 году отправляется из Кадиса в Перу. Публикует работу Silex del divino Amor y rato del ?nimo en el conocimiento de la causa primera correspondiendo по просьбе своего друга и ученика Франсиско дель Кастильо.
В честь этого выдающегося иезуита в городе Лима, Перу, назван Университет Антонио Руиса де Монтоя.
Оставил ценный труд: