Анте Готовина родился 12 октября 1955 года в селе Тконе на острове Пашмане недалеко от Задара в семье рыбака. С 4-х лёт воспитывался без матери, которая погибла, спасая Анте и его младшего брата от взрыва мины, оставшейся в Тконе со времён Второй мировой войны.
В 16 лет эмигрировал из Югославии во Францию. В 1973 году поступил на службу во Французский Иностранный легион под псевдонимом Андрия Грабовац (хорв. Andrija Grabovac). Был зачислен во 2-й Воздушно-десантный иностранный полк (2e REP), а после прохождения обучения в центре подготовки в городе По был переведён в спецназ Легиона (GCP). Принимал участие в операциях в Джибути, Заире (в том числе в битве при Колвези) и в миссиях на территории Кот-д’Ивуара. Был личным шофёром командира полка. В 1979 году получил французское гражданство и уволился из Легиона в звании старшего капрала (фр. caporal-chef).
Работал в негосударственных службах безопасности, связанных с движением голлистов (вместе со своим бывшим командиром Домиником Эруленом). Обучал в качестве военного инструктора бойцов различных вооружённых формирований и участвовал в ряде секретных операций на территории Латинской Америки (Аргентина, Гватемала, Парагвай, Никарагуа, Боливия, Чили).
По возвращении во Францию в 1986 году арестован и осуждён на 5 лет тюрьмы за ограбление ювелирного магазина в Париже в 1981 году, но через год освобождён. В 1990 году едва не был задержан за вымогательство 350 000 франков у французского бизнесмена, однако ему удалось скрыться. Двое сообщников Готовины были арестованы. Позднее, в 1993 и 1995 годах французскими судами за похищение людей и вымогательства был заочно приговорён к 2 и 2,5 годам лишения свободы соответственно.
Вернувшись в Хорватию, в июне 1991 года Готовина поступил на службу в Хорватскую национальную гвардию (хорв. Zbor narodne garde), через несколько месяцев переименованную в Вооружённые силы Хорватии. В том же году участвовал в боях против сербов в Западной Славонии. Благодаря большому опыту и способностям, быстро продвинулся по служебной лестнице. В 1992 году получил звание полковника и был назначен командующим Сплитским военным округом. В начале 1993 года наряду с генералами Янко Бобетко и Анте Росо был одним из разработчиков и командующих операцией «Масленица» (хорв. Maslenica) против войск Республики Сербская Краина в Северной Далмации. В 1994 году Готовине было присвоено звание генерал-майора. После этого он руководил обороной окрестностей Ливно и Томиславграда на территории Боснии и Герцеговины (операции «Прыжок 1», «Зима '94» и «Прыжок 2» (хорв. Skok 1, Zima '94 i Skok 2), проведённые 7 апреля 1994 года, 29 ноября — 24 декабря 1994 года и 4—11 июня 1995 года соответственно, против войск Республики Сербской).
С 25 по 30 июля 1995 года в Западной Боснии силами Хорватского совета обороны и армии Хорватии под общим командованием Анте Готовины была проведена операция «Лето '95» (хорв. Ljeto '95). В ходе операции были заняты города Гламоч и Босанско-Грахово на границе с самопровозглашённой Республикой Сербская Краина, что позволило замкнуть кольцо хорватских войск вокруг Книна перед проведением операции «Буря» для окончательной ликвидации Краины.
С 4 по 7 августа 1995 года в качестве командующего Сплитским корпусом принимал участие в операции «Буря». Незадолго до начала операции Готовине было присвоено звание генерал-лейтенанта. Лично руководил штурмом Книна. Операция сопровождалась масштабной этнической чисткой и другими военными преступлениями.
После падения РСК силами Хорватского совета обороны и армии Хорватии под общим командованием Анте Готовины в Западной Боснии с 8 по 15 сентября проводится операция «Мистраль» (хорв. Maestral), а с 8 по 15 октября — операция «Южное направление» (хорв. Ju?ni potez). В результате этих 2-х операций сербские войска оказываются окончательно оттеснёнными от хорватской границы в сторону Баня-Луки.
12 марта 1996 года генерал-лейтенант Готовина назначен начальником Инспектората ВС Хорватии. Отправлен в отставку и уволен из армии по распоряжению президента Хорватии Стипе Месича 29 сентября 2000 года.
21 мая 2001 года прокурором Международного трибунала по бывшей Югославии Карлой дель Понте в отношении Анте Готовины были выдвинуты обвинения в связи с его участием в командовании хорватской армией во время проведения операции «Буря» и в течение 3-х месяцев после завершения операции. За месяц до обнародования обвинительного заключения отставной генерал скрылся и летом того же года был объявлен в международный розыск.
8 декабря 2005 года Готовина был задержан полицией Испании на Канарских островах. У него были изъяты 2 паспорта, в одном из которых находились отметки о пересечении границ Аргентины, Чили, Китая, России и Чехии. Несколько дней спустя Готовина был передан Гаагскому трибуналу. В Хорватии, где Готовина многими считается национальным героем, в ответ на это прошли массовые демонстрации в его поддержку. Хорватские музыканты Мирослав Шкоро и Марко Перкович Томпсон записали песни «Reci, brate moj» (рус. «Скажи, брат мой») и «Sude mi» (рус. «Судят меня»), посвящённые арестованному генералу.
Рассмотрение дела генералов Анте Готовины, Ивана Чермака и Младена Маркача началось в Гааге 11 марта 2008 года.
15 апреля 2011 года был приговорён к 24 годам лишения свободы. Младен Маркач в ходе того же судебного заседания приговорён к 18 годам заключения, а Иван Чермак полностью оправдан.
Анте Готовина признан виновным в:
Вынесение подобного приговора вызвало неоднозначную реакцию на родине генерала. Премьер-министр Хорватии Ядранка Косор лично встретила в аэропорту Загреба оправданного Ивана Чермака. По её словам, обвинительный приговор Готовине и Маркачу является «неприемлемым». В день вынесения приговора несколькими тысячами человек в Загребе была устроена акция протеста. Также о желании организовать собственные акции протеста объявили ветераны войны за независимость Хорватии. И сторона защиты, и сторона обвинения заявили о намерении обжаловать приговор.
Женат вторым браком на подполковнике хорватской армии Дуне Злоич, в 1997 году у них родился сын Анте. От сожительства с хорватской тележурналисткой Весной Карузой у Готовины есть дочь Ана (р. 1994). От первого брака с колумбийской журналисткой есть дочь Химена, родившаяся в первой половине 1980-x.