С 14 лет Андрей Новиков увлекался философией, переписывался с учёными из МГУ, от которых получил отзывы о своих работах. Журналистикой занимался с 7 класса; закончил при редакции газеты «Рыбинская правда» школу рабочих корреспондентов, начинал активно печататься в местной прессе. Вскоре газета «Рыбинская правда» перестаёт его публиковать, он становится персоной «нон грата», изгоняется из школы и исключается из комсомола.
При получении в 1984 г. повестки из военкомата, демонстративно отправил её министру обороны Устинову. В том же году был исключен из комсомола за антисоветские убеждения.
Начиная с 1987 года печатается в Самиздате. Новиков публиковался в «Литературной газете» и журналах «Век XX и мир», «Новое время». Его статьи так же выходили в таких изданиях, как газеты «Известия» и «Завтра», журналы «Новый мир», «Знамя», «Юность», «Дружба народов», «Континент».
В 1988—1989 годах был членом партии Демократический союз.
Во время правления Путина неоднократно критиковал руководство Российской Федерации, работал журналистом в «Чеченпресс». Статьи Новикова на чеченскую тему были собраны в неизданную книгу «Чеченский дневник. Записки обозревателя».
В защиту Андрея Новикова неоднократно выступали политолог Михаил Матюшин, поэтесса Ольга Коробкова, журналист Сергей Смирнов, активист рыбинского отделения «Яблока» Борис Крейн, но Российская прокуратура ответила отказом на вынесение оправдательного приговора.