Окончил факультет журналистики Московского университета (1982). Работал в «Литературной газете», еженедельнике «Неделя». Публиковал литературно-критические статьи. Автор брошюр «Поэзия труда» (1986) и «Публицистика в поэзии (Р. Рождественский и Е. Евтушенко)» (1988), а также сборника интервью с советскими поэтами «Беседы о поэме» (1990, включены интервью с Евтушенко, Рождественским, Л. Озеровым, Е. Исаевым, И. Шкляревским, А. Вознесенским), опубликованных издательством «Знание» в массовой научно-популярной серии «Новое в жизни, науке, технике». В 1990 выпустил отдельным изданием более развёрнутый очерк поэзии Роберта Рождественского (М.: Художественная литература, 1990. — 208 с.)
В 1989 году был избран депутатом Моссовета на первых демократических выборах. В 1990 г. основал общественно-политический журнал «Столица» и стал его главным редактором. В дальнейшем занимался рекламным и издательским бизнесом. Являлся соучредителем (треть доли) и до 2008 года издателем газеты бесплатных объявлений «Центр Плюс», купленной впоследствии конкурентом-холдингом «Медиа3». В 2005 г. впервые выступил как прозаик, опубликовав в издательстве Kolonna publications острый политический роман-памфлет «Советник президента». Роман стал бестселлером, издательство четырежды допечатывало тираж.
На протяжении ряда лет ведёт блог в Живом журнале. В 2008 г. опубликовал отдельным изданием записи своего блога, в ряде случаев вместе с комментариями других пользователей (Ржев: Новая реальность, 2008. — В 3 томах). 12 октября 2011 года выложил на сервис YouTube цитату из записи «Нашего радио» песни Андрея Макаревича «К нам в Холуёво приезжает Путин», в первые два дня её посмотрело более 100 000 человек. После этого, 18 октября «Наше Радио» заблокировало видео этой песни, сославшись на авторские права путём блокировки аккаунта Мальгина на YouTube. К этому моменту количество просмотров ролик с песней просмотрело 250 тысяч пользователей, а запись передачи, в которой была исполнена песня — 3800 человек.
Андрей Мальгин женат, дочь Анастасия погибла в результате самоубийства 14 февраля 2008 года. В начале 2009 года Мальгин усыновил с женой 11-месячного ребенка и по состоянию на 2011 год проживает большую часть времени с семьёй в Тоскане, Италия.