Профессиональную карьеру начал в 2002 году в анапском «Спартаке». В 2003 году перешёл в «Кубань», за которую выступал до августа 2008 года, когда был отдан в аренду ярославскому «Шиннику» до 22 ноября 2008 года. После завершения аренды вернулся в «Кубань», руководство которой пыталось подыскать Андрею новую команду, однако, сделать этого не удалось, и он был включён в заявку «Кубани» на сезон 2009 года. Всего в том сезоне провёл 19 матчей в чемпионате и 2 игры за молодёжный состав клуба. В январе 2010 года в интервью объявил, что может покинуть «Кубань», которая затем 18 января отправилась на первый зарубежный сбор без него. 7 апреля 2010 года появилась информация, что Ушенин может перейти в «Балтику», с которой заключил соглашение до конца года. 8 апреля был официально заявлен в состав «Балтики». Перед сезоном 2011/12 перешёл в новороссийский «Черноморец». Зимой 2012 года перешел в футбольный клуб Луч-Энергия из Владивостока.