Андрей попал в дублирующий состав «Амкара» в 2005 году, летом дебютировал в матче с дублем «Сатурна», а всего в том году провёл 8 игр. В следующих двух сезонах полузащитник играл практически в каждой встрече (48 матчей, 11 голов). Первую половину сезона 2008 Секретов также провёл в дубле (10 игр), а потом отправился в аренду в «Нижний Новгород», который тогда выступал во Втором дивизионе (7 игр). 2009 год начался с аренды в учалинском «Горняке», но Андрей не смог закрепиться в основном составе клуба и летом вернулся в «Амкар».
В следующем году он стал капитаном молодёжного состава и Рашид Рахимов начал привлекать игрока к тренировкам с основной командой. 22 августа Секретов дебютировал за первую команду «Амкара» в матче с «Сибирью». Всего в сезоне 2010 года полузащитник сыграл в 5 матчах.
С первых же матчей нового года Андрей стал выступать за первую команду, а 20 августа в матче против «Рубина» забил свой первый гол за «Амкар». Однако места в основном составе Секретов после этого не получил и после матча с «Рубином» провел на поле лишь 13 минут в матче с московским «Спартаком». После наступления зимней паузы в чемпионате было объявлено, что Секретов выставлен на трансфер.
(откорректировано по состоянию на 21 августа 2011)