Родился 1 августа 1950 года в Каскеленском районе Алматинской области. Окончил Казахский институт физической культуры, Высшие курсы КГБ СССР в г. Москве. Имеет педагогическое и юридическое образование.
С 1974 года служил в Вооруженных Силах СССР, а затем в 1976 году перешел в Комитет государственной безопасности Казахской ССР. Службу проходил на должностях оперуполномоченного и старшего оперуполномоченного.
До декабря 1986 руководил охраной Первого секретаря ЦК Компартии Казахстана Кунаева Д. А.
В 1986 году после "декабрьских событий" уволился из органов государственной безопасности. Работал вначале мастером, а затем заместителем начальника треста «Казнефтедорстрой».
С 1992 года стоял у истоков создания самостоятельной Службы охраны Президента Республики Казахстан.
В ноябре 1995 года назначен заместителем председателя Государственного следственного Комитета РК.
Затем в 1997 году руководил Службой «А» Комитета национальной безопасности РК.
В период передислокации центральных государственных органов в новую столицу Шабдарбаев А. С. возвращается в Службу охраны Президента заместителем начальника.
С января 2002 года — начальник Службы охраны Президента РК.
2 марта 2006 года Указом Президента Республики Казахстан генерал-лейтенант Шабдарбаев А. С. назначен председателем КНБ РК.
7 декабря 2009 года Указом Президента Республики Казахстан освобожден от должности председателя КНБ РК. Отставке предшествовал ряд скандалов в ведомстве, в том числе отстранение от работы руководителей Департамента КНБ по г. Алма-Ате.
7 декабря 2009 назначен советником Президента Республики Казахстан .
23 января 2012 года Указом Президента Республики Казахстан назначен Командующим Республиканской гвардией..