После раскола «Ак жола» — организатор и сопредседатель незарегистрированной партии «Настоящий Ак жол».
13 февраля 2006 года в 11 часов 40 минут в Талгарском районе Алматинской области между поселком «Коктобе» и поселком «12 бригада» на обочине проселочной дороги обнаружены с огнестрельными пулевыми ранениями трупы Сарсенбайулы Алтынбека, его водителя (Василий Журавлёв) и охранника (Бауыржан Байбосын).
Соратники погибшего назвали убийство политическим и высказались, что ответственность за него несут действующие власти.
В 20-х числах февраля в отставку подали руководители Комитета национальной безопасности Казахстана — председатель КНБ Нартай Дутбаев и два его заместителя — Владимир Божко и Козы-Корпеш Карбусов, а также командир отряда спецназначения «Арыстан» при КНБ Сержан Койбаков. Отставки были вызваны скандалом вокруг расследования убийства Алтынбека Сарсенбаева, после того как казахстанские информационные агентства сообщили, что в устранении Сарсенбаева принимали участие действующие сотрудники КНБ. Отставки были приняты, кроме Козы-Корпеш Карбусова и Владимира Божко, последний был назначен и. о. председателя КНБ.
25 февраля появились сообщения об аресте руководителя аппарата сената Казахстана Ержана Утембаева. Оппозиционное движение «За справедливый Казахстан», создавшее независимую комиссию по контролю за ходом следствия, потребовало также отставки председателя сената — Нуртая Абыкаева. Нуртай Абыкаев известен как доверенное лицо президента Нурсултана Назарбаева, который не раз выполнял его особо ответственные поручения, возглавляя КНБ, администрацию президента и верхнюю палату парламента.
2 марта Ержан Утембаев признался в совершении убийства Алтынбека Сарсенбаева. В то же время президент Казахстана Нурсултан Назарбаев встал на защиту Нуртая Абыкаева, опровергнув его причастность к преступлению. Назарбаев сообщил, что Ержан Утембаев в своём личном письме ему признал свою вину и заявил, что организовал убийство, потому что покойный «задел его честь».
Ержан Утембаев как главный заказчик тройного убийства, получил по приговору суда 20 лет лишения свободы. Исполнитель убийства Рустам Ибрагимов был приговорен к высшей мере наказания (однако, в настоящее время в Казахстане действует бессрочный мораторий на исполнение смертных казней). Бойцы спецподразделения КНБ «Арыстан» и другие обвиняемые по этому делу приговорены к длительным срокам.
Существует версия о причастности к смерти Алтынбека Сарсенбаева экс-посла Рахата Алиева.