Учился в художественной школе в Амьене, в Национальной высшей школе изящных искусств в Париже. В молодости прошёл через увлечение кубизмом, сюрреализмом, фовизмом, вместе с тем учась у старых мастеров, у корифеев импрессионизма (Тинторетто, Тициан, Рембрандт, Коро, Моне, Ренуар). В 1943 пережил религиозное обращение. Посвятил себя нефигуративной живописи, занимался витражным и гобеленным искусством, обращаясь к религиозным сюжетам, пейзажным мотивам (прежде всего — речным и морским видам). 28 июля 1993 стал жертвой автомобильной катастрофы, от последствий которой через несколько дней скончался.
Манесье принадлежат витражи в церквах Франции, Швейцарии, Германии, Испании (Париж, Арль, Шартр, Мец, Верден, Базель, Фрибур, Грюйер, Берлин, Кёльн, Бремен, Эссен и др.).
Первая премия Биеннале в Сан-Паулу (1953), Большая премия Института Карнеги в Питтсбурге (1955), Большая премия Венецианской биеннале (1962). О художнике снят документальный фильм Жерара Рейналя «Дары Альфреда Манесье» (1992).