Время и место рождения Алексея Федоровича Фортунатова неизвестны.
Алексей Фёдорович Фортунатов много писал по разным отраслям сельского хозяйства. В «Вестнике Европы» за 1826 год появилась статья А. Ф. Фортунатова о скотоводстве, рыболовстве и пчеловодстве в Вологодском уезде. Его исследования по части домоводства помещались также в «Периодическом сочинении об успехах народного просвещения».
В 1814 году были изданы его «Метеорологические наблюдения и разные физические замечания, сделанные в Вологде». Последним трудом пользовался Николай Яковлевич Данилевский в 1854—1857 гг. при обработке своего обстоятельного сочинения «О климате Вологды».
Алексей Фёдорович Фортунатов скончался в 1828 году в городе Вологде.