В 1953 году закончила двухгодичную партийную школу и была назначена начальником Группы дорожного хозяйства, транспорта и связи Совета Министров ЯАССР, затем заведующей промышленно-транспортным отделом Якутского горкома КПСС. Через три года избрана секретарём, затем вторым секретарем горкома партии.
В начале 1963 года была избрана Председателем Президиума Верховного Совета Якутской АССР, членом Президиума и заместителем Председателя Президиума Верховного Совета РСФСР.
С 1980 по 1991 А. Я. Овчинникова работала в Институте языка, литературы и истории ЯНЦ СО АН СССР. Во время работы в институте написала книгу «Якутская областная партийная организация в борьбе за повышение эффективности промышленного производства (1966—1980 гг.)».
С 1991 года — на пенсии.
А. Я. Овчинникова была награждена орденами Ленина (1979), Трудового Красного знамени (1971), тремя орденами «Знак Почета» (1957, 1964, 1973) и многими медалями СССР, Почетной грамотой Президиума Верховного Совета РСФСР. Ей присуждены почетные звания «Заслуженный работник народного хозяйства ЯАССР», «Почетный гражданин Республики Саха (Якутия)» и «Почетный гражданин г. Якутска».