Родился 18 июля 1965 г. Окончил Московский государственный педагогический институт им. В. И. Ленина (ныне — Государственный педагогический университет) в 1989 г. Аспирант Института Всеобщей истории АН СССР (затем РАН) в 1989—1992 гг.
Затем — младший научный сотрудник, научный сотрудник, старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник, руководитель центра в Институте Всеобщей истории (c 2001 г.).
Доктор исторических наук (2000 г.). Тема диссертации: «Анархистский социальный эксперимент. Украина и Испания (1917—1939 гг.)».
С 1985 г., после возвращения из армии, стал участвовать в социалистическом движении. Сотрудничал с Оргкомитетом Всесоюзной революционной марксистской партии, с 1986 г. — один из создателей неформального неонароднического кружка, один из авторов «федералистской» идеологии, позднее известной как «общинный социализм».
В январе-августе 1988 г. — член координационного совета Федерации социалистических общественных клубов (ФСОК). В ноябре 1987 года выступал против поддержки Ельцина неформальными группами в его конфликте с ЦК КПСС. Один из организаторов первых крупных демократических митингов на Пушкинской площади весной-летом 1988 года. Задерживался милицией.
В 1987—1991 годах участвовал в работе по организационной поддержке рабочего движения. Один из создателей социологической группы «Самоуправление», пытавшейся внедрять самоуправление на производстве в 1987—1988 годах. Входил в Московский рабочий клуб, позднее в 1990—1991 годах — в Совет представителей Конфедерации труда.
Один из инициаторов создания федералистской фракции во ФСОК в августе 1988 года, позднее преобразованной в Конфедерацию анархо-синдикалистов (КАС). Автор первой декларации КАС. На учредительной конференции КАС в январе 1989 года выступал против анархо-синдикалистской самоидентификации движения. Несмотря на это, оставался членом КАС до 1999 г. Принимал участие в разработке программы КАС. Один из наиболее известных лидеров КАС и один из лидеров Московской организации КАС, возникшей на основе клуба «Община».
На многотысячном митинге в Лужниках в мае 1989 года выступил с инициативой созыва круглого стола политических сил. Участвовал в консультациях политических группировок Москвы («круглый стол»), на базе которых затем сформировался комитет «Выборы 90».
В 1989—1994 гг. — член «Московской трибуны». С осени 1989 года участвовал в Движении за создание Партии Зеленых.
В марте 1990 года на учредительной конференции Партии Зеленых (ПЗ) провозгласил ее создание. При расколе ПЗ в мае 1991 года участвовал в создании Российской Партии Зеленых (РПЗ). Один из авторов Декларации РПЗ, лидер общинного крыла партии, сопредседатель РПЗ в 1991—1999 гг.
Участвовал в строительстве баррикад вокруг Белого дома в августе 1991 года. В 1992—1996 гг. выступал с резкой критикой режима Б. Ельцина. В 1993 г. выступал в защиту Белого дома по «Радио-парламент».
С августа 1992 года член Социально-экологического союза (СоЭС). В 1992—1994 гг. — член совета СоЭС и совета Российского СоЭС. Представлял СоЭС на Конституционном совещании в июне 1993 года. Провел в проект Конституции ряд положений, касающихся экологических прав граждан и защиты природы. Выступал также за ограничение президентской власти, равенство прав субъектов федерации, отмену смертной казни.
В 1991—1997 гг. обозреватель газеты профсоюза «Солидарность». В 1994 г. — редактор отдела политики газеты. Член Социал-демократического союза в 1994—1995 гг.
С апреля (формально — с июня) 1997 г. по июль (формально — по 14 августа) 1998 гг. работал советником первого заместителя председателя правительства РФ. Обеспечивал принятие решения о прекращении строительства Высокоскоростной магистрали С-Петербург-Москва, в организации похорон Николая II и его семьи.
В 1999—2001 гг. — член ЦС Организации «Отечество».
В 2005 г. — член Федерального политического совета Союза зелёных России. На социальном форуме 2005 г. провозгласил необходимость Советского возрождения — возрождения Советов на основе протестных групп.
В 1993—2004 гг. участвовал в создании и развитии общины «Китеж».
В 2008-2010 гг. — член Московского совета, с 2009 г. - член Совета Левого фронта, с 2009 г. — участник Моссовета.
С 2004 г. — координатор сообщества «Информационал», с 2009 г. — член рабочей группы «Информационала», автор проекта «Манифеста Информалиата».
С 2011 г. - член Штаба федерального конвента "Пиратской партии России"
Автор 20 книг (в том числе — учебника истории для IX класса и фантастического романа «Ведьмино кольцо. Советский Союз XXI века»), более ста научных и сотен публицистических и энциклопедических статей. Работы А. В. Шубина посвящены проблемам истории и теории социализма, общим закономерностям исторического развития, истории советского общества, истории международных отношений, истории советских общественных течений и движений.