Родился в Москве в семье инженера-сталелитейщика. Великую Отечественную войну провёл в эвакуации в Нижнем Тагиле.
В 1951 году закончил философский факультет МГУ и уехал в Сталинград, куда получил направление его отец. Работал учителем истории в средней школе. В 1956 году начал работать в Институте востоковедения, где с 1957 года его руководителем стал Ю. Н. Рерих. В 1960 году вышла первая книга Пятигорского (в соавторстве). В 1962 году защитил в Институте востоковедения кандидатскую диссертацию на тему «Из истории средневековой тамильской литературы». В 1963 году по приглашению Ю. М. Лотмана участвовал в исследованиях по семиотике, проводившихся в Тартуском университете.
Занимался правозащитной деятельностью. В 1973 году эмигрировал из СССР в ФРГ.
С 1974 года жил в Великобритании. Профессор Лондонского университета. Лауреат премии Андрея Белого (2000) за роман «Вспомнишь странного человека». Создатель первого тамильско-русского словаря (в соавторстве с С. Г. Рудиным). Знаток санскрита и тибетского, переводчик древних индусских и буддийских священных текстов. Написал несколько десятков работ, включая несколько романов.
Выступал с лекциями во многих странах мира. В феврале 2006 года посетил Москву и прочитал цикл лекций по политической философии, выступил с публичной лекцией на тему «Мифология и сознание современного человека», дал несколько интервью в печатных СМИ и на телевидении, выступил на Чтениях памяти Г. П. Щедровицкого, который был его другом.
Снялся в роли магараджи в фильме О. Д. Иоселиани «Охота на бабочек», стал героем латвийского документального фильма У. Тиронса «The Philosopher Escaped» («Философ сбежал», 2005) и фильма В. Балаяна «Чистый воздух твоей Свободы» (2004). Принимал участие в съёмках документального фильма, посвящённого Г. И. Гурджиеву — «Гитлер, Сталин и Гурджиев» (РТР, 2007).
В октябре 2009 года принял участие в съёмках фильма Отара Иоселиани «Шантрапа».
Скончался в своём доме в Лондоне 25 октября 2009 года от сердечного приступа.