Воспитанник киевского «Локомотива», из которого перешел в харьковский «Металлист». Затем дважды был на смотринах в немецком «Шальке-04». Решив, что уровня первой команды он ещё не достиг, Яковенко принял предложение бельгийского «Льерса». В высшем бельгийском дивизионе Jupiler League он дебютировал в 18-летнем возрасте, став за короткое время лидером команды. К Яковенко стал проявляться интерес со стороны «Стандарда» и «Генка», он был на просмотре в голландском «АЗ». В итоге Яковенко принял предложение «Генка» и подписал трёхлетний контракт. Вместе с командой стал вице-чемпионом и обладателем кубка Бельгии. В конце 2008 года оказался в «Андерлехте». В начале сезона 2009-2010 перешел в годичную аренду в клуб Вестерло.
В 2010 году был впервые вызван в национальную сборную Украины, на 17 мая. Во время этого сбора и дебютировал в сборной в официальной встрече. Александр Хацкевич - помощник главного тренера сборной - оценил перспективы Яковенко в сборной как "очень хорошие", несмотря на то, что Яковенко сыграл ниже своего уровня из-за травмы.