Александр Протогеров родился 28 февраля 1867 года в Охриде.
Учился в военном училище в Софии, будучи юнкером, участвовал добровольцем в Сербско-Болгарской войне 1885-1886 гг. В 1887 году закончил военное училище. Начал службу в пехоте. 18 мая 1890 года произведён в поручики, 2 августа 1894 года — капитан в должности адъютанта в Первой бригаде 5-й пехотной дунайской дивизии (). Служил в Русе, где руководил офицерским товариществом и был помощником в местном македонско-одринском содружестве.
Стал членом Верховного македонско-одринского комитета (ВМОК) (). В 1902 году состоялось Горноджумайское восстание (). Во время Балканской войны 1912—1913 помощник начальника Македонско-одринского ополчения ().