Карьеру начал в клубе «Алга».
С 1993 года по 2002 выступал за украинский клуб «Днепр» из города Черкассы.
Также играл в аренде за «Кристалл» из Чорткова, «Ворсклу», «Волынь».
С 2002 по 2007 год выступал за ахтырский «Нефтяник». В 2007 году «Нефтяник» вышел в Высшую лигу, а Агарин перешёл в симферопольский клуб «ИгроСервис». В высшей лиге провёл 9 матчей.
За сборную Киргизии провёл 4 матча.