Старший сын майора в отставке Льва Александровича Апухтина и его жены Дарьи Дмитриевны. В 1840 году окончил 1-й московский кадетский корпус, а в 1845 — Инженерную военную академию. Служил на различных должностях.
С 1860 — начальник школы межевых топографов, с 1864 — директор Константиновского межевого института.
В 1876 году перешел в Министерство народного просвещения. В 1879-1897 годах занимал должность попечителя Варшавского учебного округа.
Сенатор.