Долгожданный наследник родился в 1553 году. Однако он отставал в развитии от своих сверстников, что могло быть результатом близкородственных браков, принятых в аристократических семействах. Альбрехт Фридрих был довольно образован, свободно владел польским языком, польскими лютеранами выдвигался кандидатом на польский трон как правнук короля Казимира IV Ягеллона.
После смерти родителей в один день 20 марта 1568 года 15-летний Альбрехт Фридрих оказался единовластным правителем герцогства Пруссия. 19 июня 1569 года в Люблине он принес присягу на верность польской короне, так как Пруссия находилась в ленной зависимости от Польши с 1454 года.
В 1572 году у него стали проявляться признаки душевной болезни. Над молодым герцогом учредили опеку из нескольких высших советников — обератов. Советники ограничили герцога в свободе передвижения, предложив ему поселиться в удалённом замке Фишхаузен. Чтобы показать дееспособность герцога была организована в 1573 году его женитьба на Марии Элеоноре Юлих-Клеве.
У герцога Альбрехта Фридриха родилось семеро детей, но выжили только девочки, двое сыновей умерли младенцами.
Польский король Стефан Баторий в 1577 году сделал регентом троюродного брата герцога из Бранденбурга Георга Фридриха. В феврале 1578 года это решение утвердил сейм Польши.
В 1603 году Георг Фридрих скончался не имея сыновей. Согласно Краковскому договору, заключенному в 1525 году с Польшей при образовании герцогства Пруссия, при прекращении мужской линии у потомков герцога Альбрехта и трех его братьев Пруссия должна была войти в состав Польши. Пока был жив Альбрехт Фридрих, представители династии Гогенцоллернов не теряли надежды на благоприятный для них исход дипломатической борьбы за прусское наследство. Польша хотела бы включить Пруссию в свой состав, но там помнили печальный опыт с протестантской Швецией. Пруссия тоже была протестантским государством.
В итоге Польша и Бранденбург разрешили вопрос половинчатым образом, устраивающим обе стороны. Польша заручилась поддержкой Бранденбурга на тот случай, если король Сигизмунд III Ваза решится силой вернуть себе шведский трон. А бранденбургский курфюрст Иоахим Фридрих Гогенцоллерн получил от Польши согласие на наследование власти в Пруссии. Курфюрст сделал взнос в польскую казну и дал значительные поблажки для прусских католиков. Иоахим Фридрих в 1603 году принял прусское регентство и опеку над герцогом Альбрехтом Фридрихом. Однако ему было запрещено посещать Пруссию без разрешения польского короля. В 1608 году он скончался. Его сын Иоанн Сигизмунд был женат на дочери герцога Анне и имел от неё сына Георга Вильгельма. Таким образом обеспечивалась гарантия перехода наследственного права на Пруссию к потомкам курфюрста Бранденбурга.
В августе 1618 года герцог Альбрехт Фридрих скончался в замке Фишхаузен. Курфюрст Иоанн Сигизмунд стал полноправным герцогом, фактически создав бранденбургско-прусское государство.
Дети Альбрехта Фридриха: