Известно, что Ганнибалиан служил в армии еще при императоре Пробе. В промежутке между 286 и 292 гг. заминал должность префекта претория — до реформ Константина I эта должность была военной, и Ганнибалиан командовал войсками. Очевидно, он служил в качестве префекта претория на западе, у императора Максимиана Геркулия, и участвовал в победах над варварами. В 297—298 годах был префектом города Рима.
Возможно, был женат на Евтропии, которая развелась с ним и вышла замуж за императора Максимиана (не позже 287—288 гг.). От первого брака Евтропия родила Феодору, ставшую впоследствии второй женой императора Констанция Хлора. Среди потомков Афрания Ганнибалиана были Ганнибалиан Старший (внук) и Ганнибалиан Младший (правнук).